在植物园的臭臭花中，妙蛙种子跟随小智来到真新镇山上的植物园，小智让它在植物园里玩。它好奇地来到园里种植的麻痹草前，结果误吸入了麻痹草散发的气味，陷入了麻痹状态。管理员村雨林子闻讯赶来，让自己已对麻痹草产生抗性的臭臭花制造蜜汁，给妙蛙种子服用。妙蛙种子恢复了精神，同时似乎喜欢上了这只臭臭花，常常用舌头亲密地舔它。

妙娃种子作为宝可梦图鉴NO.1的宝可梦在整部动画中起重要的角色，在草之场地！意外的强敌！中接连击败大针蜂和飞天螳螂后，不敌喇叭芽。之后皮卡丘也输给喇叭芽，所幸臭臭泥用泰山压顶击败喇叭芽，使小智的排名超过小茂。

橘子群岛

在奈普鲁道馆！雪山之战！中与皮卡丘和杰尼龟合作获得白浪徽章。

城都

再见妙蛙种子！大木家后院大冒险!!中妙蛙种子维持大木研究所中宝可梦间的和平离开小智，但它偶尔也会在某些道馆比赛及联盟赛时出现。

宝可梦 超世代

小智的妙蛙种子也在宝可梦 外传中多次出场，展现保卫大木研究所的决心和超强的能力。

妙蛙种子与妙蛙种子，抢回精灵球!!中它暂时回归和小遥的妙蛙种子见面。

最初的宝可梦！最后的战斗!!中为了对抗神代，小智召回所有的最初的宝可梦，但是由于巴大蝶和大比鸟已放回野生，所以只有喷火龙、杰尼龟、皮卡丘和妙娃种子。小智和它们齐心合力击败火箭队。在决战！VS雷吉艾斯!!中，战胜了神代的彷徨夜灵，与神代第三只派出的太阳岩以日光束相冲撞，同时失去战斗能力。

宝可梦 超级愿望

在我的梦想，宝可梦大师!!中，三色堇来到真新镇采访大木博士，小智的妙蛙种子因身为博士的好助手而接受了三色堇的采访，并展现了利用日光束来召集宝可梦的特殊招式。妙娃种子会依照要召集的地区的宝可梦而放出不同形式的日光束。

小智和妙蛙种子

宝可梦 太阳＆月亮

在阿罗拉，关都！小刚与小霞!!中，小智因宝可梦学校的特别课程而回到真新镇，在带同学们参观的过程中与妙蛙种子重逢。当时它正在调解纠纷，见到小智后它立刻奔向小智，跳到小智的肩上。

宝可梦 旅途

在燃烧吧！杰尼龟消防队!!中，它和小智的杰尼龟重逢，和杰尼龟消防队一起扑灭仓库街的大火，救出被困的宝可梦。

性格和特点

妙蛙种子调解宝可梦们的纠纷

小智的妙蛙种子一开始很讨厌人类，也包括小智，在与小智走散后以为小智抛弃了它。不过后来在它与小智的相处下它渐渐地开始喜欢上小智。应大木博士请求回到大木研究所后，它似乎成为了大木研究所的管理者，这主要是因为它善于化解宝可梦之间的矛盾。大木研究所不能没有它，不然一些宝可梦会打起架来。另外，它通过放射不同的日光束来召唤小智在不同地区收服的宝可梦。

已知招式

使用飞叶快刀

使用挖洞

招式首次使用撞击宝可梦乡的妙蛙种子藤鞭 ↑宝可梦乡的妙蛙种子飞叶快刀 ↑火暴猴，别生气喔！寄生种子 ↑浅红道馆的忍者对决！日光束 ↑妙娃种子的不思议花园催眠粉柚子道馆！属性对战3VS3!!猛撞毽子花！草宝可梦对战!!挖洞 ×再见妙蛙种子！大木家后院大冒险!!

标有 × 的招式为在当时的游戏中无法掌握的招式。

标有 ↑ 的招式为目前最后使用的不超过四个的招式。

若已知招式不多于四个或所有招数最后都用过则不标明。