基尔（Kir，本名水无怜奈）

黑衣组织的成员，真实身份是CIA的卧底。她在组织中担任重要角色，曾多次为红方提供情报。

波本（Bourbon，本名安室透）

黑衣组织的成员，真实身份是日本公安警察的卧底。他聪明机智，擅长收集情报，是红方的重要盟友。

2. 其他成员

雪莉（Sherry，本名宫野志保）

原黑衣组织成员，APTX-4869的研发者。因姐姐宫野明美被组织杀害而反抗，后被灌下毒药变小，化名灰原哀。

宫野明美

宫野志保的姐姐，因试图脱离组织而被琴酒杀害。她的死亡直接导致了灰原哀的反抗。

卡尔瓦多斯（Calvados）

黑衣组织的狙击手，曾协助贝尔摩德执行任务，后在行动中自杀。

科恩（Korn）与基安蒂（Chianti）

黑衣组织的狙击手搭档，性格冷酷，擅长执行暗杀任务。

3. 组织首领与神秘人物

那位先生（The Boss）

黑衣组织的最高领导人，真实身份长期成谜。直到剧情后期，才揭晓其为乌丸莲耶，一位富可敌国的富豪。

乌丸莲耶

黑衣组织的真正首领，曾在40年前假死，暗中操控组织的活动。他是整个黑衣组织的幕后黑手。

二、红方：对抗黑衣组织的正义势力

红方是由多个组织和个体组成的联盟，他们的共同目标是揭露和摧毁黑衣组织。红方的成员包括侦探、警察、特工以及前黑衣组织成员。

1. 核心成员

江户川柯南（工藤新一）

红方的核心人物，因被黑衣组织灌下毒药而变小。他利用自己的推理能力和阿笠博士的道具，不断破解案件并追查黑衣组织的真相。

灰原哀（宫野志保）

原黑衣组织成员，现为红方的重要成员。她不仅为柯南提供关于组织的情报，还协助研发解药。

阿笠博士

柯南的邻居和好友，发明家。他为红方提供了许多高科技道具，是红方的后勤支持。