让他们沮丧的是，那些京城的官员们虽然彬彬有礼，纷纷邀请他们去做客，但也只是对新奇事物的好奇，更多的是问海外的风土人情，打听自鸣钟、西洋琴的来历，以及能否代购之类。通过交谈，他们发现京城高官对世界的了解，远不如上海那些年轻而富有朝气的官员，其对整个西方世界的认知，都透着妄自尊大，显得支离破碎且不着边际……而这正是传教团遭遇困境的根源，因为《大明会典》里只记载有西洋琐里国，并无大西洋国，所以京城官员普遍认为他们‘其人可疑，其国也真伪不可知’也。
富有学问的明朝知识分子尚且如此，更不消提普通的民众了，在老百姓心里，这些西洋人形容丑陋、体毛浓密、且带着浓重的味道。只肯远远围观，绝不肯靠得太近，更不会接受他们的礼物，完全一副拒人千里之外的样子。
这种观念层次上的错位，使他们终于明白，自己的传教事业将会异常艰辛。便想拿出杀手锏，通过提供免费早餐、向贫民派发衣食，来吸引下层百姓入会，却遭到了沙勿略的严厉禁止，因为这是本土邪教的惯用手段，只能让天主教蒙上邪教的标签，害得大家都被抓起来砍头。
终于体会到当初沙勿略感觉，神父们彻底没了初来时的傲气，诚心诚意地请他教导如何去做。虽然生他们的气，但沙勿略以大局为重，还是把自己的心得和盘托出。他对其他人讲道：“首先，为了减少传教阻力，在传教初期，要坚持奉行上层路线。皈依普通民众自然容易，但我们不能像在印度那样，一上来就打他们的主意。因为这个国家的官员，像监视私产一样，紧盯着他们的百姓，我们得到太多百姓的信仰，会被视为引起社会不稳的邪教，而遭到严厉的打击。”
见众人一脸失望，他话锋一转道：“但这并不代表宗教不能流传，事实上，这个国家的人们，自由信仰着佛教、道教、儒教、伊斯兰教等数种信仰，关键是要得到上层社会的认可。假如有一批知识分子，如进士、举人、秀才以及官吏等皈依天主，自然可以铲除误会，得到认可，其他人也就更容易皈依了。”
“所以我认为，一位知识分子的皈依，较一般教友更有价值，影响力也大。所以至少在很长一段时间内，我们的努力对象，不是大批民众，而是大明的知识分子。”沙勿略心中暗叹一声，最终还是上了沈大人的贼船。
为了更方便与中国的官员士大夫的交往，赢得他们的信任，沙勿略让其他人像自己一样，先从穿衣打扮做起。首先学着梳理须发、头戴儒巾。不再披散着头发，更不能不戴帽子，因为在中国人看来，这是蛮夷的典型特点！并开始改穿儒服，放弃部分西式的生活方式，转而学习中国礼节、中式生活方式，以求融入大明社会。
此外，应多多利用西方的科技知识、人文思想，引起大明知识分子对于天主教的尊敬。沙勿略告诉他们：“你们很快就会发现，中国人对‘实学’，比对天主教更有兴趣。为了引起更多中国人对我教的注意，我们最好以‘西儒’，也就是西方知识分子的身份出现，这就是我为何，让你们带三棱镜、自鸣钟、地球仪、世界地图、以及各种科学书籍来北京，就是要利用一切机会，向中国人介绍天文、地理、数学、物理等方面的知识……在这方面，中国人是很薄弱的，但他们热衷讨论研究，只要我们能引起争论，并赢得争论，自然可以声名鹊起，赢得他们的尊重。”顿一顿道：“中国人并不是一味的妄自尊大，只要能证明他们是错的，咱们是对的，他们自然会倾慕西方科学，虚心向咱们学习，而后便有机会，把他们皈依我教。”
见他终于指出一条明路，众神父不禁松口气，却听沙勿略加重语气道：“但我要提醒各位，这个国家虽然流行着各种宗教，但真正占统治地位的还是儒教。哪怕佛教、道教这样的本土宗教，也必须将与儒家抵触的学说去除，才能相安无事。我们新来乍到，更加不能与儒家文化的冲突，而是应该以一种‘补儒’、‘合儒’的配合姿态出现，这样才能使对方接受我们……”
“前途是光明的，道路是曲折的……”沙勿略盗用了沈默的一句名言道：“为此，需要诸位努力精通中文，刻苦钻研儒学。你们会认识到，我教和儒学存在诸多相通之处。比如两者都相信一神论，都主张‘仁爱’，都重视精神道德修养问题，而这正是双方彼此交流和理解的基础。但两教在信仰观、人性论以及生活方式等方面都存在很大差异。当双方不可避免地出现冲突时，不要针锋相对、恪守成规，而要暂时把我们的教义稍做些调整和变通，最大限度地把我教和儒家文化会通糅合，使之成为适合在中国生存的宗教。大家不要认为，这是对自己信仰的不坚定，相信我，待到将来，天主的光辉照耀这片大地时，就是我教实现‘超儒’的那一天！”
沙勿略的这些说法，不仅得到了其他神父的一致拥护，甚至还被总结为‘东方四条准则’，命所有进入大明的传教士和教徒遵守，为天主教在中国迅速站住脚，并兴旺起来，奠定了坚实的基础，当然这是后话……
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沈默对这些西方传教士，确实是寄予厚望的，在南京、在上海、在苏州、在杭州，其实已经有教堂出现，这都多亏了他网开一面。而沈默之所以肯帮助他们，是因为他需要这种的交流对话。
他认为，思想的变革是任何变革的前奏，思想不变，任何改革都是徒劳。中国的传统文化，固然历史辉煌，但亦因为历史太久，已经死水微澜，不再流动。这样的结果是，精华沉积在底，难见天日，糟粕漂浮在上，臭不可闻。只有让这湖死水流动起来，才能冲掉糟粕，让精华重见天日，实现华夏民族的思想复兴。
中国无法也不能重复西方文艺复兴的老路，但他山之石可以攻玉，他希望能借那一缕西风，吹皱这一池浑水。利用不同文化间乃至不同文明间的交流与对话，使大明的知识分子开阔眼界，认识到自身在科学、哲学等各方面的不足，继而补我所短，对传统儒家思想进行反思，希望最终能再现百花齐放的春秋胜景。
而西洋传教士，就是他放进鱼池的那条鲶鱼，至于效果如何，只能留待时间检验了。